Kaplice boczne Kościoła Mariackiego
Kaplice boczne fundowali możni opiekunowie kościoła. Zaraz za wejściem głównym, po lewej stronie w parterze Hejnalicy znajduje się gotycka kaplica św. Antoniego o wystroju barokowym. Jest przeważnie zamknięta, ale przez kratę widać obraz bladego św. Antoniego. Nazywano ją także „kaplicą złoczyńców”, gdyż skazani na śmierć spędzali tu ostatnią noc przed egzekucją. Naprzeciwko promieniuje charyzmą kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej, zwana także od nazwiska fundatorów obrazu – Salomonowską, przed którą zawsze modli się grupa wiernych. W niej to odbył się ślub Lucjana Rydla i Jadzi Mikołajczykówny, postaci uwiecznionych w Weselu Wyspiańskiego.
Ciąg kaplic lewej nawy rozpoczyna poprzeczna kaplica Matki Boskiej Loretańskiej z wystrojem barokowym. Zaraz za nią znajduje się kaplica św. Jana Chrzciciela z XV w. związana z rodziną Bonerów, ozdobiona polichromią Józefa Mehoffera, z późnobarokowym wyposażeniem. W następnej kaplicy św. Wawrzyńca można natknąć się na porozstawiane tablice propagujące ochronę życia poczętego, warto przejść pod nimi, aby pooglądać stare sarkofagi i epitafia. Pod późnobarokowym ołtarzem z obrazem męczeństwa św. Wawrzyńca stoi trumna że szklaną szybką, przez którą widać szczątki owinięte ozdobnym płaszczem i nagą czaszkę jakiegoś członka rodziny Mazarakich. Ostatnia w tej nawie to kaplica Przemienienia Pańskiego z okazałym, ciekawie skonstruowanym barokowym ołtarzem zaprojektowanym przez Placidiego. Także po lewej stronie, tuż przy prezbiterium, mieści się zakrystia przebudowana w XVIII w., a za nią skarbiec mariacki – niestety nie zawsze udostępniony do zwiedzania – w którym zgromadzono naczynia liturgiczne, szaty kościelne i unikalne rękopisy. Warto na chwilę odpocząć od kaplic i rozejrzeć się po prezbiterium.
Zwężenie oddzielające nawę główną od prezbiterium nazywa się tęczą. Belka tęczowa z ginącym w mroku krucyfiksem z 1520 r., którego wykonanie przypisuje się uczniom Wita Stwosza, jest jedną z nielicznych pozostałości gotyckiego wyposażenia wnętrza. Źródłem światła w prezbiterium są trzy wspaniałe gotyckie witraże uznane za jedne z najstarszych w Polsce. Ich tematem jest Księga Genesis oraz dzieje Marii i Jezusa. Boczne okna prezbiterium ozdobiono witrażami w końcu XIX w.: nad tym od północy pracował Mehoffer, nad południowym – Wyspiański. Ci sami artyści wykonali także doskonale widoczny z tego miejsca witraż w oknie nad chórem, przedstawiający dzieje Świętej Rodziny, Drzewo Jessego oraz postaci proroków i świętych. Autorem polichromii, tak dobrze harmonizującej z gotyckim wnętrzem, był Jan Matejko. W dolnych partiach prezbiterium stoją przebogate w ornamenty wcżesnobarokowe stalle oraz manierystyczne pomniki krakowskich rodzin patrycjuszowskich: po lewej Cellarich, po prawej Montelupich. Przy filarze, po prawej stronie za balustradą wznosi się cyborium – wielokondygnacyjny ołtarz do przechowywania hostii – wykonane z piaskowca, kolorowych marmurów i alabastrów. Zbudował go w; 1552 r. w stylu renesansowym Jan Maria Padovano na zlecenie cechu złotników krakowskich. Na początku prawej nawy, zaraz za cyborium, w oprawie barokowego ołtarza wisi kamienny krucyfiks Wita Stwosza z ok. 1491 r. z realistycznie przedstawionym Chrystusem. Pierwsza w szeregu kaplic w prawej nawie, pod wezwaniem św. Jana Nepomucena, wybudowana w 1449 r., ma dość dokładnie zagospodarowane wnętrze, więc niezbyt dobrze widać polichromię Włodzimierza Tetmajera. Za kruchtą południową i kaplicą św. Walentego z gotycką kryptą Jana Sybenwirta (zmarłego w XV w. witryka kościoła Mariackiego) znajduje się kaplica św. Łazarza z 1435 r.
