Kraków „niestołeczny”
W 1608 r. król Zygmunt III Waza wyruszył na Smoleńsk, po czym, skutecznie zmarnowawszy owoce zwycięstwa nad Moskwą, przeniósł dwór do Warszawy. Pozornie nic się nie stało. Z Krakowa zniknęli zagraniczni dyplomaci, poselstwa, setki, a nawet tysiące osób, kręcących się wokół centralnych urzędów państwa za własnymi interesami, w poszukiwaniu kariery, mecenatu, czy po prostu lubiących być tam, gdzie się coś dzieje.
Wielki ośrodek miejski żył sobie własnym życiem aż do roku 1655, kiedy to hetman Czarniecki, po krótkiej obronie, oddał miasto w ręce kuzyna Jana Kazimierza, króla Szwecji – Karola Gustawa (potop szwedzki). Szwedzi wywieźli z Krakowa 18 fur pełnych złota zrabowanego w klasztorach, kościołach i na zamku wawelskim. 46 lat później (kolejna wojna Polski ze Szwecją) Szwedzi znowu ogołocili Kraków, dewastując w dodatku zamek. Miasto, choć nie zburzone, było niemal zupełnie ograbione i znacznie wyludnione. Liczba ludności spadła o 1/4 w porównaniu do stanu z początku XVII w. Wiele kamienic w centrum straszyło pustkami. Mizerne siły wytwórcze, jakie pozostały do dyspozycji, paradoksalnie angażowano w budowę coraz to nowych kościołów.
Na krótko przed ostatnim rozbiorem Polski konfederaci barscy bronili miasta przed nacierającymi wojskami rosyjskimi w oparciu o fortyfikacje z początkiem XIV w.! W pamięci potomnych zapisał się moment, gdy po wyczerpaniu amunicji jeden z broniących Barbakanu braci konfederatów patetycznym gestem urwał złoty guzik od swojego kontusza i, załadowawszy nim muszkiet, trafił w głowę prowadzącego natarcie rosyjskiego oficera, raniąc go śmiertelnie.
Nastały smutne czasy kolejnych okupacji, krótkich zrywów narodowych (powstanie kościuszkowskie, Księstwo Warszawskie, powstanie w Krakowie w 1846 r.).