Za czasów następcy Kazimierza – Bolesława Śmiałego, państwo znów osiągnęło potęgę militarną i polityczną. W absorbującym całą Europę sporze między papieżem Grzegorzem VII a cesarzem Henrykiem o prymat w świecie chrześcijańskim Bolesław zaangażował się gorąco po stronie papieża, popierając obóz gregoriańskiej reformy Kościoła. Wielokrotnie najeżdżał Czechy i Ruś, osadzając na tronie propapieskich kandydatów. Jako najwierniejszy sojusznik został nagrodzony koroną królewską i odnowieniem metropolii gnieźnieńskiej. Ośrodkiem wszystkich tych działań był oczywiście stołeczny Kraków. Nie wiadomo, jak naprawdę wyglądał głośny konflikt biskupa Stanisława z królem, zakończony dla jednego śmiercią, dla drugiego emigracją. Kroniki Galla Anonima – jedyne wiarygodne źródło — milczą na ten temat, a pozostałe, odległe od czasów, w których toczył się spór, o ok. 150 łat, nie mogą być uznane za miarodajne. Polska znowu na ponad 200 lat utraciła rangę królestwa.
Młodszy brat Bolesława – Władysław Herman – rozpoczyna, trwająca 60 lat, budowę drugiej katedry wawelskiej.
Za czasów panowania następnego władcy, Bolesława Krzywoustego, Kraków nadal był stolicą i status ten zachował także po rozbiciu państwa na dzielnice. Od tej pory losy miasta i zamku zaczęły się rozchodzić, gdyż czasem Kraków przyjmował jednego księcia, a na Wawelu bronił się drugi.
W XI w. w mieście zbudowano wiele romańskich kościołów: św. Andrzeja (1090 r.), św. Wojciecha, św. Idziego, Salwatora i Na Skałce. Podwawelski gród, nie posiadając murów, rozrastał się szybko i dość chaotycznie. Budowlom wtedy powstałym zawdzięczamy takie odstępstwa od regularnego planu, jak wygięcie ulicy Mikołajskiej i Brackiej oraz fakt, że kościoły św. Wojciecha i późniejszy – Mariacki nie pasują do kształtu Rynku.
W tych czasach do Krakowa zaczęli przybywać osadnicy z Europy Zachodniej i Niemiec. Miasto bogaciło się na handlu, pośrednicząc w wymianie na linii Wrocław-Ruś z odgałęzieniem na Węgry.
W 1222 r. biskup Iwo Odrowąż sprowadził do Krakowa dominikanów, którzy wkrótce wznieśli wspaniały kościół i klasztor, jak również cystersów, którzy ulokowali się w leżącej u stop kopca Wandy wsi Mogiła. Kilka lat później pojawili się franciszkanie, którzy podobnie jak dominikanie – będąc zakonem miejskim – osiedli obok nich przy obecnym placu Wszystkich Świętych. W tym czasie istniała już z całą pewnością gmina miejska z sołtysem na czele. Na początku XII w. na Wawelu działała szkoła katedralna z biblioteką, której katalog przetrwał do dziś. Pierwsi żacy: Iwo, Mikołaj i Przybysław godnie zapoczątkowali tradycję studenckich wybryków, gdyż w karnawale 1229 r. usiłowali wymusić okup na zakonnikach klasztoru Benedyktynów w Tyńcu, a to hultajstwo odbiło się echem aż w Rzymie.
Pod koniec XII w. powstały kościoły św. Marcina i św. Floriana, a na początku XIII w. – Mariacki i św. Marii Magdaleny. W 1241 r. zupełnie niespodziewanie zjawili się w Krakowie Mongołowie, którzy zniszczyli niemal doszczętnie bezbronne miasto, paląc, rabując i mordują ludność. Nie byli jednak w stanie zdobyć Wawelu i ufortyfikowanego kościoła św. Andrzeja. Korzystając z zamieszania, książęta dzielnicowi ze zdwojoną energią zaczęli walczyć o wpływy, „wyrywając” sobie miasto i zamek, które przechodziły z rąk do rąk. I tak, w 1243 r. Kraków zajął Bolesław Wstydliwy, na wieść o czym natychmiast przybył tu Konrad Mazowiecki i, nie mogąc wyrzucić Bolesława z niewielkiego zameczku, wzniósł na Wawelu drugi, zmienił na zameczek kościół św. Andrzeja, po czym odjechał na Mazowsze.
Aby ratować chylące się ku upadkowi miasto, Bolesław Wstydliwy w 1257 r. nadał mu przywilej lokacyjny według prawa magdeburskiego. Rozpoczęła się budowa Sukiennic.
Mongołowie jeszcze dwukrotnie pustoszyli Kraków – po raz ostatni w 1287 r. W 1292 r. gród nadwiślański zajął król Czech Wacław II, koronowany na króla Polski. Czesi nie czuli się w Krakowie zbyt pewnie i dlatego im właśnie zawdzięczamy otoczenie potężnymi murami Wawelu oraz samego miasta. Ponieważ życie gospodarcze było już w znacznej części zdominowane przez żywioł niemiecki, Władysław Łokietek, który w końcu w 1306 r. przejął Kraków, nadał mu przywileje handlowe (prawo składu), aby pozyskać mieszczan i złożył zapewnienie, że nigdy nie połączy go z Wawelem wspólnymi murami. Pomimo tego miasto pod wodzą wójta Alberta (niechętnego królowi, a przychylnego Niemcom) już wkrótce zamknęło przed Łokietkiem bramy. Po roku walk bunt wójta Alberta, który, chcąc wprowadzić na polski tron niemiecką dynastię Luksemburgów, wezwał na pomoc króla Czech i księcia Bolka Opolskiego, został krwawo stłumiony. Odbyto się kilkanaście egzekucji, dom wójta Alberta przy ul. Mikołajskiej został zamieniony na strażnicę (tak zwany Gródek), a samorządowi miasta zostały narzucone pewne ograniczenia, Albert zaś uciekł z miasta. Osiemnaście lat później na Wawelu odbyła się pierwsza koronacja – oczywiście Władysława Łokietka.
