Od czasów Kazimierza Wielkiego architektura miasta dosyć szybko się zmieniała – przebudowywano obiekty już istniejące, wznoszono nowe, bezcelowe więc byłoby wyliczanie wszystkich gmachów. Król prowadził zbawienną dla kraju, wykraczającą poza polską tradycję, politykę – cały wysiłek koncentrował na sprawach wewnętrznych i gospodarczych, pieniądze z podatków wpływały, gospodarka się rozwijała, zaś król prawie nie prowadził wojen – odbudowując państwo, odkupywał utracone wcześniej ziemie. Co roku cegielnie krakowskie produkowały ok. 300 tys. cegieł. W 1384 r. przybyła na Wawel córka Ludwika Węgierskiego -Jadwiga, aby przyjąć, jako następczyni Kazimierza, koronę Polski.
W dwa lata później Kraków witał Władysława Jagiełłę, który poślubił Jadwigę i został królem Polski.
Na przełomie XV i XVI stulecia uporządkowano Rynek. Trzeba było tysięcy wozów ziemi, by wyrównać poziom, przygotowując podłoże pod nowy bruk. W ten sposób zniknęły podesty kamienic, widoczne np. na Małym Rynku, a kościółek św. Wojciecha wyraźnie się „zapadł”. Zmiany objęły również Sukiennice – dzięki renesansowym attykom, murom i maszkaronom uzyskały one nowy wygląd. W owych czasach na Rynku istniało 130 kramów. Marcin Bielski pisał: Pójdzieszli do owej pięknej Sukiennice, ten też prędko wywróci twój mieszek na nice. Cracovia totius Poloniae urbs celeberrima – Kraków ze wszystkich miast Polski najprzedniejsze – tak mówiono w czasach złotego wieku, za panowania Jagiellonów. Do dziś zresztą to odległe wspomienie świetności poprawia samopoczucie wielu Polaków.
Na długo przed przybyciem Bony Sforzy, włoskiej żony Zygmunta Starego, w Krakowie zaczęli osiedlać się Włosi. Zajmowali się sztuką, nauką, a przede wszystkim przyczynili się znacznie do rozwoju nowych gałęzi gospodarki. W pierwszej połowie XVI w. mieszkało tu 25 rodzin włoskich, w drugiej natomiast – już 125. Koniec dominacji wpływów niemieckich zbliżał się coraz bardziej. Widocznym znakiem tego stało się zaniechanie w 1537 r. głoszenia kazań w j. niemieckim w kościele Mariackim. Na skutek burzliwych interwencji rosnącego w siłę polskiego patrycjatu, kaznodziejstwo niemieckie przeniesiono do kościoła św. Barbary.
W 1474 r. wyszedł w Krakowie pierwszy w Polsce druk – Kalendarz. Rozpoczął się dynamiczny rozwój drukarstwa, powstały prężnie działające oficyny wydawnicze: Hallera, Unglera, Wietora, Szarffenbergów. Do połowy XVI w. wydano w Krakowie 1668 tytułów w ilości, najostrożniej licząc, kilkudziesięciu tys. sztuk. Do końca wieku wydano tu 70% z 2,5 tys., tytułów wytłoczonych w całej Polsce. Kraków stał się więc autentyczną stolicą nowego przemysłu. Na potrzeby poligrafii działało pod miastem 6 papierni, wytwarzając rocznie 100 tys. ryz papieru. W 1558 r. powstała pierwsza państwowa poczta, zorganizowana przez Prospera Provano. Funkcjonowała znakomicie i wkrótce przeszła pod zarząd rodziny Montelupich, a mieściła się w ich kamienicy na Rynku Głównym pod nr. 7. Ogromna produkcja książkowa, kosmopolityzm miasta, powiązanego ściśle z centrum Europy, uniwersytet, dwór królewski -wszystko to umożliwiało ożywioną wymianę idei i sprzyjało wykształceniu własnych poglądów na kwestie religijne. Tak jak we wszystkich dużych ośrodkach rozwija się tu reformacja. Od lat 30. XVI w. Kościół usiłuje ją powstrzymywać, próbując wpłynąć na ograniczanie swobody druku, wypowiedzi, a nawet podróży zagranicznych do ośrodków „zarażonych” protestantyzmem. Drukarnie krakowskie tłoczą po kilkadziesiąt „heretyckich” tytułów rocznie, nie umieszczając jednak swego adresu, by uchronić się przed represjami. Kierownictwo ofensywy ideologicznej przejmuje uniwersytet, podczas gdy ofensywa „ludowa” przeprowadzana jest na ulicach. W 1579 r. nuncjusz papieski Caligari komentuje: Kraków byłby całkowicie heretycki, gdyby nie uniwersytet. W licznych księgarniach pojawiają się książki „spod lady”, gdyż Kościół wymógł wprowadzenie zakazu importu ksiąg „wolnomyślicielskich”, organizowane są podziemne drukarnie, tajne spotkania innowierców. Skąd my to znamy? Rozfanatyzowana tłuszcza, wstyd przyznać – z udziałem studentów, napada na różnowierców, a nawet, nie bacząc na groźbę ogólnego pożaru, podpala ich zbory w centrum miasta.
Początek wieku XVII zastał Kraków w znakomitej kondycji. Nic nie zapowiadało mającego wkrótce nastąpić upadku. Choć znaczenie Uniwersytetu nie było już tak wielkie jak dawniej, wprawdzie kontrreformacja zadławiła wolność religijną, wprawdzie przy królu miejsce światłych reformatorów formatu Andrzeja Frycza Modrzewskiego zajęli jezuici z Piotrem Skargą na czele i podejrzani czarnoksiężnicy, jak Michał Sędziwój, niemniej jednak państwo przeżywało szczyt prosperity ekonomicznej. W tym okresie Polska eksportowała przez sam tylko Gdańsk tyle zboża, ile w ciągu roku zużywał najgęściej zaludniony kraj Europy – Holandia. Złoto płynęło do kraju szerokim strumieniem i może właśnie dlatego, że magnateria przeznaczała je głównie na konsumpcję, przyczyniało się do ożywienia gospodarczego kraju.
W tym okresie Zygmunt III Waza dokonał na Wawelu drobnych prac budowlanych, a przy katedrze, chcąc dorównać Jagiellonom, postawi! kopię kaplicy Zygmuntowskiej – kaplicę Wazów – dzieło pełne ponurych czarnych marmurów, kutych krat i nerwowych ornamentów, znamionujących lęk, brak harmonii i strach przed śmiercią. Czasom tym zawdzięczamy jedno z architektonicznych arcydzieł Krakowa – olbrzymi i majestatyczny kościół śś. Piotra i Pawia przy ul. Grodzkiej – dzieło Giovanniego Trevano. To jedna z pierwszych w Europie, dokładnych, a może nieco powiększonych kopii sławnego II Gesu w Rzymie. Sklepienie kopuły wznosi się tak wysoko, że jako jedno z nielicznych umożliwiło zawieszenie wahadła Focaulta. Puszczane w ruch kilka razy do roku dostarcza subtelnego, a zarazem metafizycznego przeżycia ruchu obrotowego Ziemi – wahadło, sunąc w ciszy przez kościół, wykreśla wciąż ten sam kierunek, a kościół i cała Ziemia obracają się względem niego.
Imigranci z przeludnionych Niemiec wybijają się w Krakowie jako nacja dominującą, jeszcze przed Wielką Lokacją z 1257 r. Kulminacyjnego punktu, jakim jest bunt niemieckiego wójta Alberta, ramię w ramię z krakowskim biskupem Muskatą (zniemczonym Ślązakiem) i całym miastem, nie należy rozumieć w kategoriach narodowych. Jest on raczej wyrazem aspiracji politycznych bogatego, kulturalnego mieszczaństwa do zajęcia w państwie roli odpowiadającej potędze ekonomicznej i wpływom międzynarodowym, podobnie jak działo to się w miastach włoskich czy południowoniemieckich. Niemcy bardzo powoli tracą przewagę ilościową na korzyść Polaków, natomiast patrycjat, rada miejska, wielka własność i wielkie interesy pozostają niemal wyłącznie w rękach obywateli Krakowa pochodzenia niemieckiego aż do początków XVI w. Filarem potęgi ekonomicznej jest zapewniony przez prawo składu monopol handlowy na linii Niemcy-Wrocław-Lwów-Ruś. Przez Kraków przechodzi szlak handlowy z południa na północ z Węgier do portów bałtyckich i dalej do portów zamorskich. Handluje się solą z kopalni wielicko-bocheńskich. na bazie olkuskich złóż rudonośnych (cyna, ołów, srebro) rozwija się górnictwo i hutnictwo. Spośród trzydziestu dwóch rajców w początkach XVI w. dwudziestu było właścicielami kopalni i hut (często na jednego rajcę przypadało kilka kopalni). 2 Węgier przywożono i ekspediowano dalej przepyszne tokaje i miedź – w setkach ton rocznie. W drugą stronę, w głąb kontynentu, wędrował ołów i cyna, również setkami ton, oraz zamorskie towary kolonialne, przyprawy korzenne i sukna holenderskie. Teraz nie zdajemy sobie zupełnie sprawy ze skali interesów, jakie miasto prowadziło. I tak na przykład w 1521 r. wyniknęła sprawa szybkiego zebrania jednego ze zwyczajnych podatków królewskich, zwanego szosem. Dla zaoszczędzenia czasu rada miasta założyła z własnych pieniędzy i bez mrugnięcia okiem wyjęła z kasy 5333 floreny w złocie – równowartość ok. 800 tys. dolarów.
