Warto przyjrzeć się pozostałym ołtarzom w nawach bocznych. Oczywiście nie mogą one konkurować bogactwem z ołtarzem św. Stanisława, ale przyczyniają się w znacznym stopniu do dekoracyjności wnętrza. Za ołtarzem św. Stanisława, także w lewej nawie, fragment przestrzeni poświęcono Tomaszowi z Akwinu oraz św. Barbarze, która jest patronką dobrej śmierci i ludzi ciężkiej pracy. Po lewej stronie Barbary stoi św. Katarzyna, a po prawej – uosobienie niewinności i wdzięku, czyli św. Tekla. Ta ostatnia żyła na przełomie I i II w. w Antiochii i jako chrześcijanka została rzucona w amfiteatrze lwom na pożarcie. Lwy jednak nie skrzywdziły dziewczyny, co poczytano za cud, i dlatego do jasnego posągu Tekli łasi się lew. W prawej nawie, zaraz za prezbiterium widnieje popiersie księdza Augustyna Kordeckiego – historycznego obrońcy Jasnej Góry z czasów potopu szwedzkiego; obok – popiersie Jana Pawła II. Figury stojące po bokach trzech ołtarzy od strony prezbiterium to: królewicz Kazimierz, Abraham, król Dawid, Jan Kanty i święty Walenty i jedyna kobieca postać wśród nich – królowa Jadwiga. Kto jest kim, łatwo się domyślić. Warto dodać, że wysoko ceni się rokokowe organy, wykonane przez Jakuba Weismanna, i pięknie zdobioną ambonę figuralną.
Na dolnym poziomie kościoła św. Michała mieści się Krypta Zasłużonych (wejście pomiędzy głównymi schodami), którą otwarto w 1880 r. Właściwą komorę z grobami poprzedza pomieszczenie, w którym sprzedaje się bilety oraz dewocjonalia. Krypta ma dość niski strop, a jej mroczne światło zasilają latarnie. Intensywna polichromia pochodzi z końca XIX w.
Pierwszym zasłużonym pochowanym na Skałce był historyk i kronikarz, Jan Długosz. Jego szczątki złożono tutaj w 400 rocznicę śmierci. Obok znajdują się groby pozostałych zasłużonych: Tadeusza Banachiewicza -astronoma, profesora UJ, Ludwika Solskiego, a właściwie Napoleona Sosnowskiego – aktora, reżysera, dyrektora teatru im. J. Słowackiego w Krakowie, Wincentego Pola – poety, profesora UJ, uczestnika powstania listopadowego, Henryka Siemiradzkiego – malarza i kompozytora, Józefa Ignacego Kraszewskiego – pisarza historycznego, Lucjana Siemieńskiego – poety, prozaika, tłumacza literatury wschodniej, Teofila Lenartowicza, poety, działacza niepodległościowego z czasów Wiosny Ludów, profesora Uniwersytetu w Bolonii, Jacka Malczewskiego – wybitnego malarza obrazów alegoryczno-symbolicznych, Karola Szymanowskiego – kompozytora i muzyka, Stanisława Wyspiańskiego – malarza, poety i dramaturga młodopolskiego, Adama Asnyka – poety i działacza niepodległościowego. Podczas zwiedzania krypty coś przeszkadza wtopić się w nastrój zadumy, być może komercyjny charakter tej ekspozycji. Panująca atmosfera nie wywołuje ani trwogi przed majestatem śmierci, ani wzruszenia, że w najbliższym otoczeniu spoczywają prochy tak wielu wielkich ludzi. Nie pomaga nawet sącząca się dyskretnie z głośników muzyka chóralna.
Na prawo od świątyni znajduje się otoczona kamienną balustradą cembrowana sadzawka nazywana „Kropielnicą Polski” lub sadzawką św. Stanisława. W czasach pogańskich była prawdopodobnie miejscem składania ofiar, później powiązano ją z kultem św. Stanisława. Do tej właśnie sadzawki, zgodnie z legendą, wrzucono poćwiartowane zwłoki męczennika. Warto przyjrzeć się barokowej bramie z umieszczonym w górnej części herbem Korab, otwierającej wejście do „Kropielnicy” i czterem narożnie usytuowanym figurom orłów nawiązującym do tych, które przez trzy noce strzegły zwłok świętego. Pośrodku basenu wznosi się na smukłej kolumnie późnobarokowa figura św. Stanisława. Za sadzawką można odnaleźć prosty drewniany krzyż ustawiony tu w 1979 r. przez krakowską młodzież akademicką z okazji spotkania z nowowybranym papieżem Janem Pawłem II. Gdyby obejść zabudowania klasztoru Paulinów od strony północnej, czyli prawej, można dotrzeć do miejsca, z którego dobrze widać szczyt kościoła oraz malowniczy brzeg Wisły.
