Sarkofagi ustawione są w ciągu pomieszczeń utworzonych przez kryptę św. Leonarda, kryptę pod Wieżą Srebrnych Dzwonów, korytarze i wnęki.
Sprawne przemieszczanie się ułatwia specjalne oznakowanie, a znajdujące się przy grobach tabliczki pozwalają zidentyfikować spoczywające w nich osobistości. Wiele sarkofagów zasługuje na miano dzieł sztuki, zwłaszcza te odlane z metali, o ciekawych liniach i kunsztownych zdobieniach. Warto też zwrócić uwagę na oświetlające podziemia latarnie w kształcie królewskich koron.
Zaraz po zejściu z kaplicy Czartoryskich można zauważyć nad schodami płaskorzeźbę smoka, liczącą sobie ok. 900 lat. Jako pierwsza otwiera się przed zwiedzającymi duża, trzynawowa krypta św. Leonarda z ośmioma kolumnami wspierającymi sklepienie krzyżowe – pozostałość po romańskiej katedrze z przełomu XI i XII w. W prawie niezmienionym stanie przetrwała od czasu, kiedy wzniesiono ją ok. 1100 r., i zachowała fascynującą romańską prostotę. Czarne litery pośrodku posadzki znaczą grób zmarłego w 1118 r. biskupa Maurusa.
W sarkofagach spoczywają: Tadeusz Kościuszko, książę Józef Poniatowski, Michał Korybut Wiśniowiecki, Jan III Sobieski i jego żona Maria Kazimiera. W najnowszym grobowcu złożono niedawno bez szumnych uroczystości sprowadzone z Londynu prochy generała Władysława Sikorskiego.
Co roku, w pierwszy dzień Bożego Narodzenia, kiedy rozlega się głos dzwonu Zygmunta, w krypcie św. Leonarda zbierają się wszyscy królowie Polski – od Piasta po Stanisława Augusta. Przewodzi im Bolesław Chrobry. Siedzą i naradzają się nad losami narodu i państwa. Pod koniec spotkania do drzwi krypty stukają śpiący rycerze Chrobrego, którzy w ten jeden dzień w roku budzą się, opuszczają stanowiska w Tatrach i przybywają na Wawel po rozkaz. Jak do tej pory Chrobry zawsze im odpowiadał: „jeszcze nie czas, rycerze moi” i zaklęci wojowie wracali w góry.
W kolejnych pomieszczeniach znajdują się groby: (na prawo) Stefana Batorego (na lewo w długiej wnęce), Władysława IV, jego żony Cecylii Renaty i ich dzieci – Zygmunta Kazimierza i Marii Anny Izabeli. Podążając w głąb korytarza, dociera się do grobów Jagiellonów: Zygmunta Augusta, Anny Jagiellonki, Anny Austriaczki i jej synka Aleksandra Karola. W niewielkiej trumnie pochowano przywiezione z Francji prochy Stanisława Leszczyńskiego. Za fragmentem muru leżą: pierwsza żona Zygmunta Starego – Barbara Zapolya, córka Zygmunta III – Anna Maria oraz August II Mocny, który ponoć pozostawił po sobie tysiąc potomków.
Pod kaplicą Zygmuntowską, w wielkim, surowym grobowcu znalazł miejsce spoczynku Zygmunt I Stary, od którego rozpoczął się zwyczaj chowania trumien królewskich w podziemiach. Krypta leżąca pod kaplicą Wazów mieści grobowce Zygmunta III Wazy, jego żony Konstancji Austriaczki, ich syna kardynała Jana Alberta oraz Jana Kazimierza i jego żony Marii Ludwiki Gonzagi. Ostatnim etapem wędrówki po podziemnym panteonie narodowym jest krypta pod Wieżą Srebrnych Dzwonów (mauzoleum Józefa Piłsudskiego), w której pochowano Marszałka, a niedawno złożono tam urnę zawierającą ziemię z Katynia.
Ostatni etap pogrzebu Piłsudskiego w maju 1935 r. odbywał się w Krakowie – trumnę wieziono przez miasto na Wawel. W uroczystościach uczestniczyli politycy i osobistości z całej Europy, a między nimi Hermann Göring – marszałek Luftwaffe. Większość obywateli była autentycznie pogrążona w żałobie: płakali, martwili się o zapowiadające się niepewnie losy kraju. Początkowo trumnę wodza złożono w krypcie św. Leonarda. W 1937 r. arcybiskup Adam Sapieha nakazał przenieść ją w obecne miejsce, co wywołało głośne komentarze.
Za kaplicą Czartoryskich znajduje się symboliczny grobowiec króla Władysława Warneńczyka, który jako dwudziestoletni młodzieniec zginął w 1444 r. pod Warną w bitwie z Turkami. Grobowiec wzniesiono w 1906 r. na wzór sarkofagów gotyckich.
Kolejna kaplica biskupa Samuela Maciejowskiego (św. Tomasza i Matki Boskiej) jest stosunkowo mało atrakcyjna, poza bardzo starym, tysiącletnim fragmentem romańskiej płyty, zachowanym za ołtarzem, w zakrystii, pochodzącym bez wątpienia z pierwotnej katedry.
Stromymi schodami (ostrożnie!) tuż obok schodzi się do krypty grobowej wieszczów narodowych. Pierwszy, bardziej efektowny grobowiec należy do Adama Mickiewicza, którego szczątki sprowadzono w 1890 r. z Paryża. W drugim, czarnym i znacznie skromniejszym, pochowano sprowadzone także z Paryża w 1927 r. prochy Juliusza Słowackiego. Przy wyjściu zauważa się tablicę poświęconą Cyprianowi Kamilowi Norwidowi – wybitnemu romantykowi, docenionemu dopiero po śmierci. Przed wejściem do krypty Wieszczów po prawej stronie widnieje srebrna płyta z 1888 r. przedstawiająca Sobieskiego pod Wiedniem. Po lewej stronie znajduje się czarna kaplica Lipskich (św. Mateusza Ewangelisty), przerobiona z gotyckiej na barokową, oraz kaplica Skotnickich (św. Wawrzyńca) powstała w 1339 r., w której dominuje rzeźba siedzącej kobiety pod zrujnowaną kolumną okrytą materią. Dalej można obejrzeć kaplicę Zebrzydowskiego (śś. Kośmy i Damiana) z 1355 r., przebudowaną w XVI w., gdzie umieszczono tablicę poświęconą Mikołajowi Zebrzydowskiemu, fundatorowi Kalwarii Zebrzydowskiej. Przed wejściem stoi najstarszy grobowiec w katedrze (typu tumbowego) poświęcony królowi Władysławowi Łokietkowi trzy razy wygnanemu, co trzy razy powrócił zwycięski. Sarkofag wzniesiono w XIV w. z białego piaskowca. Za kaplicą Zebrzydowskiego znajdowała się niegdyś najstarsza kaplica katedralna św. Małgorzaty z 1322 r. Od XVI w. pełniła ona rolę zakrystii i wejścia do skarbca katedralnego, w którym przechowywano bezcenne pamiątki narodowe, szaty liturgiczne, naczynia i dzieła sztuki. Obecnie skarbiec udostępniany jest tylko naukowcom i nielicznym gościom, zaś część jego zbiorów wystawiono dla szerokiej publiczności w Muzeum Katedralnym.
