Przez zakrystię wchodzi się na Wieżę Zygmuntowską wybudowaną w XIV w. Drewniane schody prowadzą do gęsto obelkowanego królestwa pięciu (z dziesięciu) wawelskich dzwonów, nad którymi panuje w spiżowym majestacie najsłynniejszy z nich – Zygmunt, odlany z luf armatnich przetopionych w 1520 r. za pieniądze Zygmunta I Starego. Kielich dzwonu pokrywają płaskorzeźby przedstawiające św. Stanisława i św. Zygmunta oraz herby Polski (Orzeł Biały) i Litwy (Pogoń).
Dzwon Zygmunt waga: 10 ton; waga serca zawieszonego na pasach ze skóry wielbłąda: 300 kg; średnica u dołu: 2,424 m; wysokość: 1,99 m; grubość ścian: do 21 cm; skład: 80% miedzi, 20% cyny; uruchomienie – siła 10 ludzi.
W ważne święta państwowe i kościelne dzwon Zygmunt grzmi w tonacji dis, co słychać w promieniu 50 km od Krakowa. Swoim tonem rozgania chmury i sprowadza słoneczną pogodę. Ponadto ma inne cudowne właściwości, bo jeśli panna dotknie jego serca, niebawem wyjdzie za mąż, jeśli zaś uczyni to mężatka, szczęście u boku męża ma zapewnione.
Poza dzwonem Zygmunt w wieży wiszą jeszcze cztery inne: Głownik, Półzygmunt, Kardynał i Urban – wszystkie odlane w drugiej połowie XV w. Wejście na Wieżę Zygmuntowską i wyjście z niej znajdują się w różnych punktach kaplicy, warto jednak powrócić w pobliże zakrystii, by obejrzeć znajdujący się w lewej nawie intrygujący zabytek. Jest nim Czarny Krucyfiks z XIV w., zwany Czarnym Chrystusem lub cudownym Krzyżem Królowej Jadwigi, umieszczony w oprawie barokowego ołtarza z czarnego marmuru na tle srebrnej blachy. To spokojna, lecz przejmująca rzeźba przykryta czarnym tiulem – co stanowi nawiązanie do żałoby narodowej z czasów zaborów.
Dalej uwagę przykuwa ambit i kaplica św. Katarzyny (pocz. XIV w.), znana powszechnie jako kaplica biskupa Gamrata (mniej powszechnie -kanonika Grochowskiego), w której stoi grobowiec biskupa krakowskiego Piotra Gamrata, poplecznika królowej Bony, przeciwnika reformacji, człowieka nie najlepiej ocenionego przez współczesnych. Miał on na sumieniu m.in. skazanie na stos mieszczki krakowskiej, która przeszła na judaizm.
Za prezbiterium (i często za zamkniętą kratą) można zajrzeć do wnętrza tajemniczej kaplicy Mariackiej (Stefana Batorego) z XIV w. W jej ciemnościach kryje się m.in. nagrobek Stefana Batorego wykonany przez Santi Gucciego w 1595 r., wspaniały ołtarz przypominający kształtem i bogactwem wschodni pałac. Wzrok przyciąga także XVI-wieczna polichromia Kaspra Kurczą, obraz Matki Boskiej Częstochowskiej oraz Przenajświętszy Sakrament. Przed kaplicą Mariacką, na arkadach oddzielających ambit od prezbiterium, umieszczono słusznych rozmiarów epitafia dwóch par królewskich – Jana III Sobieskiego i Marii Kazimiery oraz Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Eleonory Austriaczki, zaprojektowane przez Francesca Placidiego, a wykonane w latach 1753-1760.
Ciąg kaplic po prawej stronie katedry rozpoczyna kaplica Tomickiego (św. Tomasza Kantuaryjskiego), przebudowana z gotyckiej na renesansową przez Berrecciego w 1530 r. W zaciszu szarych nieotynkowanych ścian złożono trumnę z relikwiami najstarszego polskiego kronikarza, Wincentego Kadłubka. Idąc w kierunku wyjścia głównego, warto zatrzymać się przy kaplicy Andrzeja Stanisława Załuskiego (św. Jana Ewangelisty), wzniesionej w XIV w. przez biskupa Jana Grota. Zachowała się ona w stylu rokokowym, nadanym jej w XVIII w. przez Francesca Placidiego.
Podobno biskup Jan Grot pokazywał się po śmierci w kaplicy, nie pozwalając królom: Kazimierzowi Wielkiemu i Kazimierzowi Jagiellończykowi przechodzić rzekomo istniejącym przejściem z katedry na zamek. Badacze nie odnaleźli wprawdzie żadnych przejść, ale od czasu do czasu na tle ściany majaczy nikły cień tiary.
Gotycki, nakryty baldachimem grobowiec po prawej stronie w nawie należy do Kazimierza Wielkiego. Ufundował go 1382 r. siostrzeniec władcy – król Ludwik Węgierski. Obok znajduje się kaplica Jana Olbrachta (Bożego Ciała i św. Andrzeja) z 1501 r. z kamienną niszą – pierwszym w Polsce renesansowym dziełem autorstwa Franciszka Florentczyka. W niszy pod późnogotycką płytą z marmuru węgierskiego, wyrzeźbioną przez uczniów Wita Stwosza, spoczywa król Jan Olbracht, pochowany z przepychem przez swoją matkę, królową Elżbietę. Następna kaplica św. Jana Chrzciciela, zwana też kaplicą biskupa Zadzika, służyła za ubieralnię królów, przygotowujących się do koronacji. W kolejnej – niewielkiej kaplicy biskupa Konarskiego (1351 r.), po licznych przeróbkach panuje barok, jednak sięgający sklepienia nagrobek bpa Jana Konarskiego, przypisywany Bartłomiejowi Berrecciemu, dochował wierności renesansowi. Przed kaplicą Zygmuntowską znajdują się dwa ważne obiekty: pierwszy to relikwiarz z insygniami królowej Jadwigi. Skromniutkie drewniane berto i jabłko (niegdyś pozłacane) wyglądają na najstarsze przedmioty w tej katedrze. Wydobyto je z grobowca królowej w 1949 r. Obok bieli się kararyjski marmur sarkofagu królowej, wykonanego w 1902 r. przez Antoniego Madeyskiego. Jadwiga o anielskim obliczu, ze złożonymi dłońmi opiera stopy na psie – symbolu wierności. Pierwszy grobowiec królowej znajdował się przy ołtarzu głównym. W 1949 r. szczątki ekshumowano i złożono w tym właśnie, białym, ale w 1987 r. ponownie je przeniesiono – tym razem pod Czarny Krucyfiks.
Pewnego dnia do modlącej się jak zwykle królowej Jadwigi Czarny Odkupiciel przemówił: „Jadwigo, ratuj Litwę!”, a według innej wersji: „Jadwigo, wysłuchana została modlitwa twoja” i powiadano, że był to początek chrystianizacji Litwy. Losy Jadwigi i jej krzyża splotły się ponownie w 1988 r„ kiedy Jan Paweł II złożył trumienkę z relikwiami błogosławionej Jadwigi, którą w 1997 r. ogłosił święta, w ołtarzu Czarnego Chrystusa. Rzeczywiście, w podświetlanej komorze widać niewielki prostokąt trumny – trzeba zaznaczyć, że jest to trzecie miejsce pochówku królowej, traktowanej po dziś dzień z największa czułością i szacunkiem.
