Kaplicę Zygmuntowską (Wniebowzięcia NMP), zwaną Królewską, Jagiellońską albo też Rorantystów, budowano przez czternaście lat (1519-1533) na zamówienie Zygmunta I Starego, według projektu Bartolommeo Berrecciego. Budowniczych i artystów było wielu. Kaplica stanowi chlubny przykład renesansu włoskiego w najczystszej postaci i mimo że służy za mauzoleum, panuje w niej atmosfera majestatycznej, lecz pogodnej dworskości. Za masywną kratą z brązu (dzieło norymberczyka Hansa Vischera z 1532 r.), bardzo rzadko otwieraną, zastygły w kamieniu formy najsłynniejszej kaplicy w Polsce. Zbudowano ją na planie kwadratu, wznosząc na wysokość 30 m i wieńcząc ośmiobocznym tamburem z okrągłymi oknami oraz kopułą z latarnią. Właśnie ta kopuła, pozłocona od zewnątrz w XVI w., nadaje południowej elewacji katedry szlachetnej dostojności. Wnętrze otulają szarości piaskowca ścian i ciepłe kolory – czerwień i brąz – marmurów, z których wykuto figury. Po prawej stronie w niszach znajdują się dwa nagrobki: górny należy do Zygmunta Starego, dolny do Zygmunta Augusta. Królowie w charakterystycznych dla renesansu pozach – w pozycji półleżącej, opierając się na prawych łokciach i zginając lewe nogi – wyglądają, jakby odpoczywali i za chwilę mieli wstać. Na wprost wejścia widać płytę nagrobną Anny Jagiellonki autorstwa Santi Gucciego. Postać tej królowej widnieje na dwóch obrazach zawieszonych nad wejściem do kaplicy: na jednym uwieczniono ją w stroju koronacyjnym, na drugim w stroju wdowim. Trzeci portret przedstawia Zygmunta Starego. Kaplica kryje w sobie tajemnicę, nad którą od lat dumają specjaliści i znawcy, a która już nigdy nie zostanie „na pewno” wyjaśniona. Otóż projektant Berrecci umieścił w górnych partiach ścian nimfy, postacie z mitologii greckiej i inne pogańskie persony i stworzenia. Czy miało to coś wspólnego z ideami renesansu, czy było zaszyfrowanym przesłaniem Berrecciego, czy może symbolizowało politykę króla Starego – to pozostaje w sferze hipotez. Zaraz obok usytuowana jest kaplica Wazów (1664-1666), wzorowana na Zygmuntowskiej. Warto zauważyć, jak wiele, mimo pozornego podobieństwa, różni te kaplice. Gdyby porównując je, zdać się tylko na emocje i skojarzenia, zrozumieć można bardzo wiele. Zygmuntowską wyraża w pełni ducha humanizmu – spokojna, wyzwolona z dogmatycznych kanonów katolickiej martyrologii, jest przede wszystkim poświęcona ludziom, tolerancyjna, bo dająca sporo miejsca frywolnym, „pogańskim” akcentom świata starożytnego. W kaplicy Wazów dominują symbole śmierci. Jest piękna, lecz zniewalająco ponura. Nie ma w niej miejsca na doczesność ani cytaty z innych kultur, wyraża wyłącznie sposób, w jaki przejawiała się surowa kontrreformacja. Zamknięci za czarnymi marmurami tablic nagrobnych członkowie rodziny Wazów: Zygmunt III Waza, Władysław IV, Jan Kazimierz oraz kardynał Jan Albert i królewicz Aleksander Karol, jeśli wstaną w dniu Sądu Ostatecznego, wstaną ostatni.
Mniej więcej na wprost wejścia do kaplicy Wazów w XV-wiecznym grobowcu z czerwonego węgierskiego marmuru spoczywa król Władysław Jagiełło. Ma pod stopami smoka, który symbolizuje potęgę krzyżacką albo pogaństwo.
Parter Wieży Srebrnych Dzwonów zajmuje czerwona kaplica Szafrańców (pw. św. Szczepana) nazywana kaplicą Doktorów. Polichromię oraz witraż z Matką Boską Ostrobramską wykonał w 1908 r. Józef Mehoffer.
Pastelowa kaplica Potockich (pw. Oczyszczenia NMP), dawniej Różyców, została ufundowana jeszcze w 1381 r. przez Zawiszę z Kurozwęk. Ostatni raz przebudował ją w 1840 r. Piotr Nobile na zlecenie Zofii Potockiej. Nadano jej wtedy cechy stylu klasycyzmu wiedeńskiego. Wewnątrz stoi posąg Chrystusa z marmuru kararyjskiego, wyrzeźbiony przez Duńczyka Bertela Thorvaldsena w 1829 r.
Ostatnia, niezwykle interesująca kaplica w prawej nawie, nosi nazwę Świętokrzyskiej. Przy wejściu do niej widnieje pomnik nagrobny Piotra Kmity Młodszego, pochodzący z XVI w. O niepowtarzalnej atmosferze tej kaplicy (1447-1492) decyduje rzadkie połączenie jej późnogotyckiego charakteru z XV-wiecznymi ikonami pokrywającymi sklepienie, symbioza sztuki prawosławnej z zachodnim gotykiem. Pod smutnymi wizerunkami aniołów i ruskich świętych, wykonanymi w 1470 r. przez nowogrodzkich ikonopisów, w kamiennym grobowcu wyrzeźbionym przez Wita Stwosza spoczywa Kazimierz Jagiellończyk. Po przeciwnej stronie złożono ciało jego żony – Elżbiety Rakuszanki zwanej Matką Królów. Naprzeciw wejścia widnieje wyłamujący się swoim klasycyzmem pomnik nagrobny biskupa Kajetana Sołtyka (jednego z pierwszych zesłańców syberyjskich) z 1788 r. – w kształcie trumny. Dwa zachowane tryptyki na ścianie wschodniej – Matki Boskiej Bolesnej i Świętej Trójcy to rzadkie przykłady malarstwa piętnastowiecznego.
Wieża Srebrnych Dzwonów nazywała się przed XIX w, Wikaryjską. Zawieszono w niej najstarszy polski dzwon Nowak, odlany z jeszcze starszego w II poł. XIII w. Ponadto wiszą tu cztery inne dzwony; Gworek z końca XV w., Maciek z 1669 r., Zegarowy z 1519 r., i Plakietkowy z 1751 r. Gworek i Maciek mają podobno w stopie srebro i stad nazwa wieży.
