W latach 1260 i 1287 następują dalsze najazdy Tatarów, jednak mniej groźne w skutkach od napadu w 1241 r.
Miastu przybywa szereg monumentalnych świątyń. Obok istniejących już romańskich: Skałki, św. Wojciecha, św. Andrzeja, św. Augustyna, Salwatora, św. Jana, św. Floriana i św. Mikołaja buduje Kraków w stylu późnoromańskim kościoły: św. Trójcy (Domnikanów), główną farę NPM, św. Franciszka (Franciszkanów).
W nieustających walkach o Kraków między Henrykiem Wrocławskim, Wacławem II, Bolesławem Opolskim i Łokietkiem, z których każdy na pewien czas miasto opanował, ostatecznie książę Łokietek utrzymuje się przy Krakowie i koronuje się na Wawelu w 1320 r. łącząc rozerwane ziemie polskie w jedną całość.
W r. 1311 część kolonistów, sprowadzonych do Krakowa, popierana przez zniemczonego stronnika Czech — bpa Muskatę, buntuje się pod wodzą wójta Alberta przeciwko władzy królewskiej. Łokietek uśmierza krwawo bunt; wójt Albert uchodzi, dziedziczne wójtostwo zostaje zniesione; do miejskich ksiąg wprowadzony zostaje język łaciński, zaś zameczek Gródek — twierdzę buntu — zniszczono.
W początkach XIV w. płonie druga katedra hermanowska; rozpoczyna się budowa trzeciej, gotyckiej. Po raz pierwszy zastosowano, typowe dla budownictwa krakowskiego, sklepienie dziewięciopolowe, tzw. piastowskie (w kaplicy Mariackiej i w prezbiterium nad ołtarzem głównym).
W 1333 r. obejmuje rządy Kazimierz Wielki. Stały się one momentem zwrotnym w dziejach całej Polski.
Kraków staje się coraz zamożniejszy, rosną szeregi mieszczaństwa, kwitnie rzemiosło. Kupiectwo bogaci się dzięki nadanemu jeszcze przez Łokietka „prawu składu“, polegającym na tym, że obcy kupcy, przejeżdżający przez Kraków, musieli tutaj, w pewnym określonym czasie wykładać na sprzedaż swoje towary.
Kazimierz Wielki zakłada od strony granic południowej i północnej Krakowa, dwa nowe miasta — Kazimierz i Florencję (późniejszy Kleparz), osiedlając w. nich głównie ludność polską.
Kraków, opasany już murami obronnymi w czasach Leszka Czarnego i Wacława II-go, rozbudowuje w czasach kazimierzowskich swój system fortyfikacyjny.
W mieście powstaje szereg gmachów murowanych. Budowa trzeciej katedry zostaje dokończona. Przy poparciu króla wznosi się wiele kościołów, z których dwa najpiękniejsze — Bożego Ciała i św. Katarzyny — przetrwały do dziś. Przebudowano główny kościół parafialny NPanny Marii. Na miejscu kamiennego zameczka Łokietka na Wawelu buduje Kazimierz Wielki wspaniały zamek gotycki z krużgankami (zamek spłonął w 1499 r.).
Organizują się cechy rzemieślnicze, mające swój początek w bractwach religijnych.
Miasto się brukuje, urządza się wodociągi, łaźnie, rozbudowuje się szpitalnictwo; na Rynku miasta stają w nowej szacie gotyckiej Sukiennice; na Zamku powstaje państwowy sąd najwyższy, uniezależniając się od zachodniego Magdeburga.
W r. 1364 inicjuje król zjazd monarchów europejskich w Krakowie; bogaty mieszczanin krakowski Wierzynek podejmuje ich ucztą.
Świetny administrator, jakim był niewątpliwie Kazimierz Wielki odczuwał potrzebę wykształcenia wielu swoich pomocników, co skłoniło go do założenia w r. 1364 wyższej uczelni. Wzorując się na uniwersytetach Bolonii i Padwy, powołuje do życia pierwszy uniwersytet — Akademię krakowską, z przewagą nauk prawniczych. Śmierć królewska powoduje upadek Akademii. Dopiero zapis królowej Jadwigi w 1399 r. umożliwia zakup i przebudowę kilku domów, gdzie znalazł siedzibę uniwersytet (od r. 1400 poprzez XV w.). Już przy zmienionej organizacji studiów na wzorach Sorbony paryskiej, osiąga uniwersytet swój szczytowy rozwój w XV w.
Czasy jagiellońskie są okresem rozkwitu Krakowa. Akademia kształci wielu cudzoziemców. Rozsławiają jej imię: nauczyciel Kopernika — Wojciech z Brudzewa, Kopernik, Jan Długosz, historyk Bernard Wapowski. Wychowawca synów królewskich, sekretarz Kazimierza Jagiellończyka, poeta Filip Kalimach Buonacorsi przeszczepia na nasz grunt ideały humanizmu.
Wit Stwosz rzeźbi przepiękny ołtarz do kościoła NPanny Marii (1477—1489). Krystalizują się formy malarstwa, przyjmujące nazwę „szkoły krakowskiej”. Rozwija się świetnie malarstwo miniaturowe. Rzeźba osiąga wysoki poziom o czym świadczą pomniki grobowe Jagiełły i Kazimierza Jagiellończyka. — Powstają piękne witraże dla kościołów (m. in. NPanny Marii).
Około 1450 r. liczy Kraków 14.00 ludności, zaś diecezja krakowska jest jedną z największych w Europie: „pokrywała się z obszarem Małopolski historycznej — od Oświęcimia, Pszczyny i Bytomia na Zachodzie, po Lublin i Łuków Podlaski na płn.-wschodzie, Chociaż Ziemia bytomska została na skutek darowizny w XII w. przyłączona do Śląska, przetrwała w diecezji krakowskiej do 1821 r.“ (Tad. Dobrowolski, „Sztuka Krakowa”).
W tym czasie interesująco przedstawiał się stan posiadania osad w Krakowskiem i Sandomierskiem: własność królewską stanowiło 396 osad, duchowną — 724 osady.
W rezultacie:
-duchowieństwo posiadało około 63%; własn. ziemskiej,
-król posiadał 18% własn. ziemskiej,
-szlachta posiadała 14% własn. ziemskiej,
– mieszczanie posiadali 4% własn. ziemskiej,
– kasztelania krakowska posiadała 2% własn. ziemskiej,
W 1498 r. miasto otrzymuje barbakan flankujący nieprzyjaciela ogniem od płaskiej i suchej północnej strony miasta.
Rodzi się polskie drukarstwo, zapoczątkowane u Benedyktynów w Tyńcu, rozwinięte w Krakowie przez Fioła Szwajpole (1483). Kraków wyprzedza w drukarstwie m. in. Danię, Anglię, Hiszpanię. Tu drukuje się pierwsze w Europie księgi słowiańskie (starocerkiewne, 1491).
Na tle rozwijających się anatagonizmów klasowych między możnowładztwem i mieszczaństwem, w wyniku zniewagi czynnej w stosunku do rzemieślnika Klimonta, dochodzi do zabójstwa Andrzeja Tenczyńskiego (1461 r.).
Zaczyna narastać rozdźwięk między Radą miejską, a tzw. pospólstwem, na które składali się drobni kupcy i rzemieślnicy. Chodzi w tym wypadku o umożliwienie pospólstwu nadzoru nad administracją miejską. Mimo, że po buncie Alberta (1311 r.) władza wójtowska została ograniczona, zaś Kazimierz Wielki poleca, aby Rada Miejska składała się w połowie z kupców i rzemieślników — zarządzenie to nie zostaje zrealizowane. Siłą rzeczy stan taki prowadził do konfliktu, tym bardziej, że było publiczną tajemnicą szafowanie majątkiem miejskim, co prowadziło w prostej konsekwencji do sprzeniewierzeń. Na takim tle, wiadomość o poważnych rozruchach wrocławskich, umocniła postawę pospólstwa krakowskiego i w dalszej konsekwencji spowodowała powstanie nowej komórki, była to reprezentacja tzw. 16-tu mężów, złożonych po połowie z rzemieślników i drobnych kupców, tworząca organ kontrolujący i hamujący samowolę rady miejskiej.
