Prąd umysłowo-artystyczny zwany Odrodzeniem, mający swą kolebkę we Włoszech, zapoczątkowany tamże w XV w dotarł do Polski przez Kraków w czasie panowania ostatnich Jagiellonów; XVI wiek, to złoty wiek kultury polskiej.
Czasy Zygmunta I są okresem najświetniejszego rozwoju Krakowa, jego kultury umysłowej i materialnej, rozkwitu kultury artystycznej.
Na skutek zmiany stosunków ekonomicznych, wywołanej upadkiem gospodarki czynszowej i przejściem na gospodarkę pańszczyźniano-folwarczną, następuje niesłychane wzbogacenie się szlachty, która za przykładem króla zajmuje się mecenatem artystycznym.
Około r. 1502—1536 król buduje pierwszą świecką budowlę renesansową w Polsce — pałac na Wawelu oraz „perłę renesansu” — kaplicę grobową, zwaną Zygmuntowską. Z inicjatywy królewskiej działa zdobyczne służą jako materiał odlewniczy na największy polski dzwon, zwany Zygmuntem, zawieszony na wieży katedralnej w 1521 r.
Olbrzymi napływ artystów, głównie włoskich, do bogatej, kwitnącej nauką i sztuką, jednej z najludniejszych stolic Europy, jaką wówczas jest Kraków, — tworzy wiele dzieł sztuki o nieprzemijającej wartości.
Wybijają się polscy artyści, jak np. rzeźbiarz Jan Michałowicz z Urzędowa, jeden z największych rzeźbiarzy w Europie; architekci — Benedykt Sandomierzanin i Gabriel Słoński, nadają formom architektury Odrodzenia cechy swoiste, stwarzając polską odmianę renesansu.
Rozwija się, poezja, literatura. Rodzi się polski język literacki, wyrugowując dotychczasową łacinę. Słupami milowymi są nazwiska Reja, Kochanowskiego oraz chłopskiego poety — Klemensa Janickiego. Z pisarzy politycznych wyróżnia się Andrzej Frycz-Modrzewski, godny spadkobierca myśli Jana z Ludziska i Ostroroga. W swym dziele „O naprawie Rzeczypospolitej” pisze o przebudowie państwa i kwestii chłopskiej.
Dzięki mecenatowi Zygmunta I następuje rozwój muzyki, związany z założeniem kapeli rorantystów; kolegium śpiewacze założone przez króla przy Kaplicy Zygmuntowskiej pełni nie mniejszą rolę od śpiewaków Kaplicy Sykstyńskiej. Muzyka polska promieniuje coraz silniej na kraje Europy Zachodniej i Wschód. Krystalizują się elementy narodowego stylu w muzyce. Rozwija się wielogłosowa pieśń świecka, obok nurtu o charakterze religijnym. Dworski wirtuoz, lutnista Bekwark Walenty zostaje uwieczniony we fraszkach Kochanowskiego.
Butne Prusactwo w osobie księcia Albrechta składa hołd Zygmuntowi I na Rynku krakowskim w 1525 r.
W miarę coraz liczebniejszego rozwoju rzemiosła i przemysłu następuje przeobrażenie średniowiecznego czeladnika w robotnika, wyzyskiwanego przez pracodawcę, co powoduje narastanie walki klasowej. W obronie ludzi utrzymujących się z pracy najemnej powstają odrębne organizacje czeladnicze, początkowo tajne. Pojawiają się Kasy Brackie, pośredniczące w otrzymywaniu pracy. Sporadycznie wybuchają już strajki. Wytwory rzemiosła krakowskiego stają się przedmiotem handlu z Zachodem, np. obuwie-ciżmy z b. długimi nosami są dostarczane do Anglii.
W r. 1572 wygasa ród Jagiellonów, następują rządy królów elekcyjnych.
Za czasów założyciela polskiej linii dynastii Wazów — Zygmunta III rozpalają się walki religijne przeciwko luteranom, kalwinom i ideologii religijnej o największym ładunku radykalnej myśli społecznej — Arianom. Walki przeciw innowiercom, popierane przez zakon jezuitów, odbywają się wśród prześladowań, jak np. spalenie Brogu — zboru kalwińskiego przy ul. św. Jana w r. 1591.
W r. 1587 odpiera Zamojski od strony przedmieścia Garbary atak na Kraków arcyks. austriackiego Maksymiliana walczącego o koronę polską.
W r. 1609 Zygmunt III przenosi rezydencję królewską do Warszawy. Zadaje to wielki cios Krakowowi; następuje odpływ wielu rodzin związanych z dworem.
Akademia Krakowska, na skutek walki prowadzonej z jezuitami, usiłującymi przejąć ją w swoje ręce, chyli się stopniowo ku upadkowi. Coraz mniej wybitnych umysłów uświetnia Akademię. Zajaśnieje jeszcze sława matematyka Jana Brożka, lekarza Sebastiana Petrycego, botanika Szymona Syreniusza, historyka — Szymona Starowolskiego. Postępujący upadek Akademii trwać będzie i później, już w mrokach średniowiecznego scholastycyzmu, aż do 2-giej połowy XVIII w. Podźwignie dopiero Akademię, w której nauka obniżyła się do poziomu szkoły średniej, wielki reformator, Hugo Kołłątaj.
Stopniowy upadek miasta wiąże się z odkryciem nowych dróg handlowych (Ameryka). Następnie, rosnąca potęga turecka powoduje upadek osad kupców włoskich na pd.-wschodzie Europy. Prawo składu nie daje już dawnych zysków, ponieważ posiada je już wiele miast polskich. Rządy szlachty, mającej w swoich rękach naczelny organ ustawodawczy — Sejm, przyczyniają się do pogłębienia upadku miasta, pozbawionego w sejmie przedstawicielstwa. Ustawy sejmowe, jak np. zakaz nabywania i posiadania dóbr ziemskich przez mieszczan, albo zakaz zajmowania się handlem przez szlachtę, stwarza ostateczny przedział między nią i mieszczaństwem. Polityka celna, krzywdząca mieszczan, ustalenie sztywnych cen na towary kupców miejskich, prowadzi do zubożenia tychże. Chłop, przypisany do ziemi, przestaje na skutek zubożenia nabywać towary miejskie, a wobec surowych zakazów — nie zasila już szeregów ludności miejskiej. Wszystko to składało się na pozbawienie miasta warunków rozwojowych i w dalszej konsekwencji prowadziło do jego upadku.
W r. 1655 następuje najazd Szwedów na Polskę, Kraków zostaje zdobyty; Szwedzi rozpoczynają rabunek i zniszczenie miasta. Zubożają ludność kontrybucjami, bombardują Zamek. Dwa lata trwa to wyniszczanie miasta, w czym pomagają Szwedom ich sojusznicy — Siedmiogrodzianie pod wodzą Rakoczego. Teraz handel Krakowa został śmiertelnie ugodzony, powodując upadek ekonomiczny miasta.
Wiek XVII to czasy nowego prądu umysłowo-arty-stycznego — baroku, kierunku przejętego z Italii.
Fakt odpływu możnowładców z królem do Warszawy skłania ich do odstąpienia swoich dworów na terenie Krakowa — zakonom. W I-ej połowie XVII w. następuje niebywała rozbudowa architektury sakralnej. Przybywa 20 nowych klasztorów, 17 kościołów i 8 świetnych kaplic barokowych. Gotycki Kraków zmienia się na barokowy.
Przeciwstawieniem rozwoju budownictwa sakralnego są chylące się ku ruinie domy mieszczańskie. W rezultacie 1/3 część miasta, która w XVIII w. znajduje się w rękach duchowieństwa, wolnego od opłat i danin miejskich, pozbawia lwiej części dochodów gospodarkę miejską już i tak chylącą się ku upadkowi.